Секретная экспедиция расскажет историю группы ученых, исчезнувших во время экспедиции в неизведанные древние руины в Южной Америке. Главный герой, бывший детектив и историк Джек Райли, нанимается семьями пропавших, чтобы выяснить, что с ними случилось. В процессе расследования он сталкивается с древними загадками, надприродными силами и коррупцией в научном сообществе.